Ressources de calculs du laboratoire

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2 serveurs de calculs sont à votre disposition :

  1. math11.unice.fr : maple, mathematica, matlab, scilab, calculs GPU
  2. math5.unice.fr : machine Scalemp (ICC, Ifort, MPI, OpenMP) SMP

Ressources sur math11.unice.fr

Matlab :

IMPORTANT: par défaut Matlab utilise tous les cores de la machine.

Pour éviter la surcharge du serveur, il suffit de rajouter une ligne en tête de votre fichier .m:
        maxNumCompThreads(N);
N est le nombre de cores souhaités pour le calcul.

Remarque: la machine actuelle (math11.unice.fr) dispose de 20 coeurs et 256 GBytes de mémoire vive.

Pour lancer Matlab en mode graphique

[user@mathx:/workspace/user]:matlab &

Pour lancer Matlab en mode console

[user@mathx:/workspace/user]:matlab -nodesktop

Sinon

[user@mathx:/workspace/user]:matlab -help

 

Maple :

Pour lancer Maple en mode graphique

[user@mathx:/workspace/user]:xmaple &

Pour lancer Maple en mode graphique

[user@mathx:/workspace/user]:xmaple -cw &

Pour lancer Maple en mode console

[user@mathx:/workspace/user]:maple

Sinon

[user@mathx:/workspace/user]:maple -help

 

R :

Pour lancer R :

[user@mathx:/workspace/user]:R

 

Scilab:

Pour lancer Scilab :

[user@mathx:/workspace/user]:scilab

scilab lance la version 5.3.3

Pour obtenir de l'aide

[user@mathx:/workspace/user]:scilab --help

Pour lancer Scilab en mode console

[user@mathx:/workspace/user]:scilab -nogui

 

Mathematica :

Pour lancer Mathematica en mode graphique

[user@mathx:/workspace/user]:mathematica

Pour lancer Mathematica en mode console

[user@mathx:/workspace/user]:math

Pour quitter Mathematica en mode console tapez : Exit

 

Utilisation des serveurs en nohup

Matlab en nohup :

On peut utiliser les serveurs en nohup, c'est à dire que l'on peut lancer un calcul et se déconnecter du serveur, sans que celui-ci arrête le calcul

La ligne de commande est la suivante

nohup matlab -nodesktop -nojvm -r execute > nohup.out &

execute est le nom du fichier .m (execute.m, il faut absolument enlever le .m !!)et nohup.out le nom du fichier réseultat contenant les informations (bien entendu, à la fin du fichier .m, il ne faut pas oublier de mettre un exit, sinon le fichier nohup.out se remplit de messages d'erreurs !!)

Maple en nohup :

La ligne de commande pour utiliser maple en mode batch et en nohup

nohup maple < maple_script.m > output_file &

maple_script.m est le fichier contenant les commandes à effectuer sous maple et output_file le fichier de sortie et de résultat (ici il faut mettre un quit à la fin du fichier de script !!)

R en mode batch et nohup :

Sous R, tapez :

help(BATCH)

Ou sinon sous la console, tapez :

R BATCH --help

En mode batch et en nohup, tapez :

nohup R CMD BATCH myscript.R &

Ou sinon pour que l'interface ne sauve rien :

nohup R CMD BATCH myscript.R --no-save &

Bien entendu, il faut terminer le fichier myscript.R par :

  • q("no") : le workspace n'est pas sauvegardé
  • q("yes") : le workspace est sauvegardé

Vous pouvez aussi utiliser la commande screen : man screen pour plus d'informations