La version incrémentale du 3D-VAR consiste à considérer comme contrôle l'écart entre l'état du système et l'ébauche, et non plus l'état du sytème :
La fonction coût devient alors :
où est le vecteur d'innovation .
La minimisation de cette fonctionnelle est semblable à celle du
3D-VAR. Le gros avantage de la réécriture du problème sous
cette forme est la réduction possible de la
dimension de l'espace de contrôle, et donc de la dimension des
matrices de covariance, à l'aide d'hypothèses simplificatrices
sur l'écart entre l'état du système et l'ébauche.
Ces méthodes tri-dimensionnelles relativement simples et efficaces étaient opérationnelles à Météo France et à l'ECMWF il y a encore quelques années ([10], [44], [2]). Elles ont été remplacées depuis par le 4D-VAR.